Die Genese oder Krankheitsursache des Morbus Crohn ist bisher nicht genau geklärt, aber man vermutet eine sog. multifaktorielle Genese. D.h. mehrere Faktoren führen zum Auftreten eines Morbus Crohn. Zu den Faktoren denen eine Rolle in der Krankheitsentstehung des Morbus Crohn zugeordnet wird, zählen die Genetik, immunolgische Faktoren, Entzündungen, Umwelteinflüsse, Mikrobiom.