Die klinischen Verläufe und auch die Dauer der beschwerdefreien Remissionsphasen zwischen den aktiven Schüben sind sehr unterschiedlich. Manche Patienten haben nur sehr geringe oder gar keine Beschwerden andere wiederrum einen sehr schweren Verlauf.
Ohne Therapie besteht die Gefahr eines schweren Schubs mit Komplikationen wie entzündlichen Stenosen (Verengungen des Darms) oder Fisteln und Abszessen, die dann auch häufig einen operativen Eingriff erfordern.